2,5 дня – не так уж много, тем более общественным транспортом…  Я бы на вашем месте оставила самые интересные городки, все, что вы перечислили, боюсь, не успеть.

Из вашего списка:
Трир – достаточно большой город, на беглый осмотр требуется не менее половины дня, ИМХО. Но римские ворота, сравнимые с Порта Нигра, я больше пока нигде не видела. 

Трабен-Трарбах – кроме мостовых ворот ничего особо примечательного не увидели.

Бернкастель-Кюс надо обязательно захватить, там очень красивая центральная площадь, остальные улочки не впечатлили.

Бахарах – очень симпатичная центральная улочка, если не подниматься к замку (а там, если ничего не поменялось, хостел) – достаточно прогулки на 1-2 часа.

В Боппарде есть фуникулер, поднимающий на смотровую площадку, с которой видна впечатляющая излучина Рейна.

На кораблике от Рейна и Мозеля впечатление совсем разное. Рейн южнее Кобленца окружен довольно высокими горами, на которых то тут, то там торчат замки, впечатляет мощью. Но в любом случае путь на кораблике должен захватывать скалу Лорелей, ИМХО. Вдоль Мозеля невысокие холмы, но река сильнее извивается, очень живописно. Мы плыли от Трабен-Трарбаха до Ürzig, очень понравилось .

На самое главное – Эльц – потребуется не менее половины дня: приехать в Мозелькерн, доехать до замка, там либо пешком от парковки, либо на подкидыше за деньги. Экскурсия по замку тоже не очень короткая, а еще её подождать ведь надо будет. И путь обратно.

Что бы выбрала я. В день приезда, заселившись в отель в Кобленце, поехала бы в Трир, там погуляла бы, возможно, до конца дня.

На второй день отправилась бы вверх по Рейну, вдоль него ходят поезда, так что проблем с передвижением вроде быть не должно. В Линц бы не поехала, поскольку он к северу от Кобленца, а фахверковых городков и так будет достаточно. Поднялась бы на смотровую площадку в Боппарде, чтобы посмотреть на излучину Рейна сверху. Прокатилась бы на кораблике мимо скалы Лорелей. Пообедала бы в ресторанчике отеля-замка Шёнбург в городе Обервезель, на террасе с видом на Рейн. Далее остановилась бы в Каубе, посмотрела на замок Пфальц на островке. А потом поехала в Бахарах. И – обратно, в отель.

На третий день, встав пораньше, поехала бы в Мозелькерн (до него ходит поезд) смотреть Эльц. А потом в зависимости от оставшегося времени строила бы более подробные планы. Как варианты:
1. Поехать поездом в Кохем, посмотреть замок (он не подлинный старинный, отстроен заново в 19 вроде веке), погулять по городу и пообедать в ресторане отеля   http://www.alte-thorschenke.de/.
2. От Кохема на поезде до Трабен-Трарбаха, там как-то (на автобусе или на кораблике) добраться до Бернкастель-Кюса, дойти до центральной площади и ехать обратно.
3. Если на Бернкастель-Кюс уже не хватит времени, от Кохема доплыть на кораблике до Байльштайна (городок очень симпатичный, но такой красоты, как в Бернкастель-Кюсе, там нет), погулять и ехать обратно.

Насчет частоты отправлений поездов и автобусов ничего не скажу – мы ездили на машине.