Город и его цитадель сильно пострадали во время религиозных войн во второй половине XVI века. Почти сорок лет продолжалась борьба между католиками и протестантами, поочередно осаждавшими и штурмовавшими город. Население пытается убежать из города и когда Нантский Эдикт 1598 года наконец дарует Франции религиозный мир, Систерон встречает новую эпоху опустошенным. В это время архитектор Жан Сарразан предпринимает попытку укрепить и перестроить цитадель Систерона.
Мост La Baume 40 м в длину и 6 м в ширину. Первоначально мост построен мост в. 1365г. (перестроен в 1501 г). В 1879 г., после периода сильных дождей мост рухнул. Восстановительные работы продолжались до 1886 года, и в итоге мост стал более широкий и светлый. Его последняя реконструкция была в 1945 году, после того, как он был разрушен в результате бомбардировок союзников .
В XVII столетии замок стал местом заключения будущего короля Польши Яна II Казимира Вазы. В 1636 году тогдашний король Польши старший брат принца Яна, решает сделать его правителем Курляндии. Но Сейм Польско-Литовской Унии, наложил запрет на это решение короля. Расстроенный таким поворотом дел, в 1638 году, Ян по совету друзей, решает переехать на Пиренеи, чтобы стать Викарием Португалии. Путешествие будущего Польского монарха, было прервано в Систероне, где он был арестован по приказу Кардинала Ришелье. По быстро сфабрикованному делу, о якобы имевшемся секретном договоре между Испанией и Польшей, Ян был приговорён к заточению в крепости Систерона. Его в течение года держали в крошечной камере, расположенной в верхней части замка. Сегодня она доступна для осмотра гостям замка, где они могут увидеть восковую фигуру Яна, получить представление об обстановке в которой проживал принц, в том числе увидеть каменный туалет, которым пользовался заключённый.
В 1815 году, в истории замка, оставила след другая, пожалуй, самая известная историческая личность XIX столетия Наполеон Бонапарт. После побега с острова Эльба, Наполеон, высадившись около Канн, начал свой поход на Париж, собирая по пути своих приверженцев. Сегодня эту дорогу, на которой находиться и город Систерон, именуют как «Маршрут Наполеона». Гарнизону цитадели было приказано остановить опального императора, однако это не удалось, потому что... в цитадели не оказалось пороха ! Подойдя к Систерону и не встретив, никакого вооружённого сопротивления, Наполеон на короткое время остановился в крепости, где в его честь был устроен роскошный обед, после чего продолжил свой путь, как известно, окончившийся около Ватерлоо. Этому событию посвящен один из залов сегодняшнего замкового музея, в котором представлены около 60-ти документов, эпохи великого императора.
В период с 1842 по 1860 в крепости проводились последние работы по усовершенствованию её фортификаций. В последующие сто лет замок оставался нетронутым, до 1944 года.
Во время Второй Мировой Войны немцы использовали цитадель Систерона в качестве тюрьмы. И сама цитадель и город неоднократно бомбились американцами. Город был освобожден в 1944 году ценой сотни местных жителей, погибших при бомбежках.
В 1956 году замок был передан в ведение ассоциации по поддержке исторических монументов, занявшейся его восстановлением при поддержке местного муниципалитета.
