Хорошо сохранилась лишь одна фреска в нише, изображающая Богородицу с младенцем, а на боковых поверхностях ниши — святые Евфимия и Екатерина. В 1959 году отец Доминик Дарси, сравнивая эту фреску со знаменитыми мозаиками в равеннской церкви Сан-Витале, обнаружил поразительную сходство Богородицы из Сан-Клементе с равеннской императрицей Феодорой. Соответственно, выдвинута версия, что первоначально фреска представляла портрет Феодоры, муж которой Юстиниан сделал большие вклады в римские базилики, с двумя придворными дамами. В IX веке фреска была переосмыслена и дописана: Феодору посадили на трон, вручили младенца, и получившаяся фреска приобрела свой нынешний вид. На сегодня вопрос о первоначальном значении фрески остаётся дискуссионным.

Фреска «Житие Алексия, человека Божия», написана предположительно в интервале 1050 — 1100 годов и охватывает последнюю, римскую часть жития святого. В левой части одетый в рубище Алексий возвращается в Рим и на дороге встречает отца, который не узнаёт сына после семнадцатилетней разлуки. Мать Алексия, выглядывающая из окна, также не видит в страннике своего сына. В средней части фрески действие переносится на семнадцать лет вперёд — папа Иннокентий I приходит к одру умершего Алексия, сжимающего в руке некую хартию. В правой части фрески история завершается: по просьбе папы умерший разжимает руку, и папа сообщает присутствующим содержание хартии, в которой Алексий описал свою жизнь с момента ухода из родного дома. Горе родителей и невесты Алексия ярко изображено художником: рыдающая невеста обнимает тело своего жениха, а родители в буквальном смысле рвут на себе волосы.

Над фреской, посвящённой Алексию, находится ещё одна, на которой изображён Христос, сидящий на престоле, с предстоящими Климентом и архангелом Михаилом (по правую руку), и святителем Николаем и архангелом Гавриилом (по левую руку). Все действующие лица подписаны, хотя их лики невозможно рассмотреть: они «отрезаны» полом «верхней» базилики.

Содержание фрески может быть передано следующим образом:
- верхний регистр — святой Климент восседает на престоле, ему предстоят его предшественники по римской кафедре: апостол Пётр, святые Лин и Клет. Все действующие лица подписаны, но их головы «отрезаны» полом «верхней» базилики.
- средний регистр — святой Климент совершает мессу, в числе окружающих его христиан находится (по левую руку) молодая женщина Феодора. Муж Феодоры, знатный язычник Сиссиний, прокрался вслед за женой на мессу, но ослеп и оглох по молитве папы. Церковные служители выводят Сиссиния из церкви.
- нижний регистр — святой Климент посетил дом Феодоры и исцелил её мужа. Сиссиний, вместо благодарности, исполнен ярости и приказывает слугам схватить папу и выставить его вон. Речь Сиссиния передана простонародным итальянским языком (итал. vernacular), а не на традиционной латыни, и усыпана ругательствами:
Тащите, сукины дети. Гозмари и Альбертель (имена слуг), тащите вон. Карвончелле, помогай сзади рычагом

Но по молитве Климента ослеплённые слуги тащат обломки колонны, принимая их за епископа. Сам же Климент, стоя в стороне, говорит (уже по латыни): «По вашему жестокосердию вам полагается нести это вместо меня». На этом фреска обрывает повествование, но их документ IV века «Acta» утверждает, что в итоге Сиссиний всё-таки стал христианином и даже мучеником. Бранные слова Сиссиния, по контрасту с благочестивым сюжетом, придают неповторимый колорит всей фреске. Эта брань делает фреску бесценным лингвистическим памятником, так как, не считая некоторых подписей на документах, данные слова являются самыми ранними из ныне известных, написанных на итальянском языке

Сан-Клименте - одно из самых сильных римских впечатлений: наглядная демонстрация физического, материального измерения истории.